Le Secrétariat Permanant a été créé en 2005 par la volonté de l’Assemblée Générale du CCM avec l’appui des partenaires techniques et financiers tels que l’USAID à travers son Agence d’Exécution du programme VIH/Sida, la Coopération Française, l’UNICEF et la JICA.
Le Secrétariat Permanent (SP/CCM) est composé, d’un Secrétaire Permanent, d’un Chargé de suivi stratégique, et d’une Assistante administrative et financière. Le secrétariat permanent est appuyé par un Comité Technique. Le Secrétariat permanent est supervisé par le Bureau.
Il est chargé de la gestion quotidienne des activités du CCM/Sénégal.